Il percorso della MPA si sviluppa in due tappe fondamentali: un incontro introduttivo ed un incontro di approfondimento.
Acquisiti gli strumenti del metodo tramite esercizi adatti a chiunque ma che ciascuno porta avanti autonomamente secondo la propria indole, il cammino prosegue con la pratica quotidiana per la quale può essere di aiuto partecipare a seminari al fine di approfondire alcuni temi specifici trattati negli incontri.
Tutti gli incontri e i seminari sono tenuti da guide dell’associazione MPA, Gli incontri sono assolutamente sconsigliati alle persone con seri disturbi psichici o che si trovino anche temporaneamente in uno stato di forte tensione emotiva.
In alcune località sono presenti gruppi di meditazione.
Da alcuni anni in alcuni Licei di Roma, Firenze e Prato sono stati offerti progetti di Meditazione Profonda adattati alle esigenze degli alunni, per migliorare l'apprendimento e ridurre lo stress.